Difficile d'identifier cette maladie avec précision mais ça ressemble bien à une maladie cryptogamique. Est-ce que les feuilles étaient abimées ? est-ce que la base des tiges étaient pourries ? Pour l'année prochaine, je vous conseille de changer votre sélection, de bien faire attention à la rotation des cultures en sachant que le fumier fraichement enfoui ne lui convient pas.
Effectivement je pense, comme 'Victor', plus haut, que votre fumure mal décomposé pourrait en être la cause, par contre je ne pense pas au champignon, si aucun organes externe est atteint vos pied sont bien sain